Interiér chrámu ohúri návštevníka svojou mohutnosťou a pestrosťou unikátnych malieb. Najväčším skvostom celého interiéru je kolosálny celodrevený hlavný oltár dokončený v rokoch 1637 až 1640, na realizácii ktorého sa popri viedenských majstroch B. Knillingovi a V. Knothovi podieľali V. Stadler z Trnavy a majster Ferdinand z Cífera. Oltár vysoký 20,3 m a široký 14.8 m je jeden z najväčších oltárov svojho druhu v Európe.
Návštevníkov zaujme aj maliarska a štukatérska výzdoba. Bohatá ornamentika je dielom najmä talianskych majstrov.
Od roku 1977 je univerzitný kostol metropolitnou katedrálou Bratislavsko-trnavskej arcidiecézy. Významným medzníkom v jeho existencii bola i návšteva pápeža Jána Pavla II. v roku 2003.
0